【本月之星】Yeo Lab RNA结合蛋白CRISPR敲除文库、人全基因组敲除文库、人全基因组抑制文库
CRISPR文库筛选是一种基于CRISPR/Cas9技术的高通量基因筛选方案，通过构建包含成千上万个sgRNA的文库，并将这些sgRNA克隆到慢病毒载体中，以低MOI感染靶细胞。这种方法可以确保每个细胞只被一种sgRNA感染，从而实现针对不同sgRNA对应基因的功能筛选。对此，小编为大家推荐艾迪基因畅销的三款文库现货，并附上该文库相关研究文献解读，希望能为大家的科研道路添砖加瓦。
一、CRISPR ko筛选将 RNA 结合蛋白 Eef1a1 确定为肌生成的关键调节因子
原文链接： https://doi.org/10.3390/ijms25094816
骨骼肌生成（myogenesis）是一个复杂的基因调控过程，其中转录因子和非编码RNA的作用已被广泛研究，但RNA结合蛋白（RBPs）在肌肉生成中的作用尚不明确。CRISPR-Cas9基因编辑系统已被证明在进行高通量功能丧失筛选方面非常有效，用于探索与药物和毒素抗性、癌症转移和免疫反应等相关的遗传因素。
在该文章中，研究人员利用CRISPR-Cas9系统构建了一个针对1542个基因的11,138个sgRNA的RBP-KO（RNA结合蛋白广泛敲除）库。通过筛选，研究人员鉴定了Eef1a1作为一个对C2C12肌母细胞的增殖至关重要的新型调节因子。随后，他们利用CRISPRko和CRISPRi技术成功建立了Eef1a1敲除和干扰的C2C12细胞模型，对Eef1a1进行功能研究，结果发现miR-133a-3p靶向Eef1a1。对此，研究人员进一步研究了Eef1a1与miR-133a-3p的相互作用，结果表明miR-133a-3p的过表达可以挽救Eef1a1对C2C12肌母细胞的影响。总之，研究人员通过Yeo Lab RNA结合蛋白文库筛选揭示了Eef1a1在肌肉生成中的关键作用，并阐明了其通过miR-133a-3p调控肌肉生成的分子机制。这不仅增进了人们对肌肉生成分子机制的理解，而且为未来的临床治疗和生物技术应用提供了新的思路和潜在靶点。
图1 CRISPR筛选显示Eef1a1参与细胞增殖
二、CRISPR KO筛选技术助力发现转位肾癌（tRCC）治疗靶点
原文链接： https://doi.org/10.1101/2024.08.09.607311
转位肾癌（translocation renal cell carcinoma, tRCC）是一种由 TFE3 基因融合驱动的侵袭性肾癌亚型，与大多数其他肾癌相比，tRCC 显示出氧化磷酸化（OXPHOS）的代谢特征，而不是典型的有氧糖酵解（Warburg effect）。由于 tRCC 特殊的生物学特性，常规用于其他肾癌亚型（RCC）组织学类型的治疗药物在 tRCC 中的效果有限，需要针对 tRCC 的特定生物学特性开发新的治疗策略。
在该文章中，研究人员通过基因组规模的 CRISPR ko筛选，发现了与 tRCC 细胞代谢状态相关的一些选择性脆弱性，特别是 EGLN1 基因。EGLN1 编码一种羟化 HIF-1α 并标记其降解的酶，抑制 EGLN1 能够通过稳定 HIF-1α 并促进从 OXPHOS 到糖酵解的代谢重编程，从而影响 tRCC 细胞的生长。随后，研究人员进一步进行了功能验证实验、药物敏感性测试以及代谢状态分析等系列实验，发现 TFE3 融合蛋白不仅促进 OXPHOS，还激活了与谷胱甘肽和 NADPH 生物合成相关的基因，创造了一个高度还原的细胞环境，这可能使 tRCC 对再还原应激敏感。总结来说，研究人员利用人全基因组敲除文库进行CRISPR筛选，不仅揭示了 tRCC 的独特生物学特性，还发现了潜在的治疗靶点，为开发新的治疗手段提供了科学依据。
图2 tRCC 中的选择性 EGLN1 依赖性
三、CRISPRi筛选技术揭示IRF9是DNA损伤剂敏感性的新生物标志物
原文链接：https://doi.org/10.3390/genes15070959
多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（Poly(ADP-ribose) polymerase，PARP）抑制剂是一类靶向治疗药物，通过干扰DNA修复机制来积累DNA损伤，已被批准用于治疗携带BRCA1/2突变的多种癌症。然而，随着药物使用时间的增加，许多病例中都观察到了对PARP抑制剂的抗药性。为了克服这种抗药性，并识别超出BRCA1/2的生物标志物，许多研究人员正在积极寻找新的方法。RNAi和CRISPR基因编辑技术的最新进展已经鉴定了许多与PARP抑制剂疗效相关的生物标志物，并为涉及PARP抑制剂的新合成致死策略提出了新的治疗靶点。
在该文章中，研究团队使用CRISPRi筛选技术，在乳腺癌细胞系中鉴定调节对PARP抑制剂敏感性的基因，并通过细胞培养、基因编辑、克隆形成实验、qRT-PCR和蛋白免疫印迹等技术进行实验验证。结果表明，IRF9基因的表达对于乳腺癌细胞对PARP抑制剂的敏感性至关重要，它的缺失会导致细胞对PARP抑制剂产生抗药性。化疗后，IRF9基因的表达上调与对基于铂的化疗药物的敏感性相关。IRF9基因表达的上调可能是预测乳腺癌患者对PARP抑制剂和基于铂的化疗药物敏感性的新生物标志物。总的来说，研究人员使用人全基因组抑制文库进行CRISPRi筛选，最终揭示了IRF9在乳腺癌治疗中的潜在重要性，并为未来的癌症治疗策略提供了新的视角和可能的生物标志物。
图3 CRISPR/dCas9 干扰筛选确定 IRF9 和其他 IRF/STAT 家族为 TNBC 细胞中的耐药诱导基因
艾迪基因专研基因编辑十余载，集齐科研圈最火CRISPR sgRNA文库类型，覆盖度≥99％，均一度＜10，现货一周达，下单即筛！
近期资讯
1.【文献解读】CRISPR/Cas9技术助力开发评估内源性胎儿血红蛋白诱导剂的细胞报告系统
2.【一周时讯】CRISPR-Cas9筛选技术提供更灵敏和更特异识别胎儿血红蛋白诱导剂的方法
3.【文献解读】基于CRISPR/cas13a的等温一锅式RNA检测平台---SATCAS
联系我们
18102225074（微信同号）
market@edgene.cn