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怎么挑选Cas家族蛋白?本文让你轻松搞懂Cas13a、Cas12a/Cas12b、Cas14的区别!

CRISPR-Cas技术是近年来备受欢迎的基因编辑技术,现在CRISPR系统家族越来越壮大,越来越多的CRISPR-Cas蛋白被发现,例如:Cas9、Cas12a、Cas12b、Cas13a、Cas14等,那么怎么区分这几类酶呢?本文让你轻松区分这个Cas蛋白家族的成员!

Cas12a

Cas12a,又称Cpf1,在crRNA的引导下识别PAM位点TTN,进而对靶dsDNA进行切割。与Cas9不同的是,Cas12a无需RNA或其他蛋白辅助便可将pre-crRNA自我加工为成熟的crRNA,因此Cas12a无需tracrRNA即可实现靶位点的切割。除此之外,Cas12a具有ssDNA非特异性切割活性,又称为反式切割活性。利用其活性,开发了基于DNA靶标的核酸检测系统:DETECTR。该平台将CRISPR/Cas体系与RPA恒温扩增技术结合,能够高效地进行多种病原微生物等检测。Cas12a在检测DNA方面有着较高的灵敏性和实用价值,简单快速且无需大 型的仪器设备,但相较于其他CRISPR 检测系统而言,其不能用于单碱基差异检测,精度还有待提高。

Cas12b

Cas12b,又称C2C1,在crRNAtracrRNA引导下识别PAM位点TTN,切割靶标DNA。利用其反式切割活性,开发了Cas12b介导的DNA检测平台:C Detection,与之前的Cas12a检测方法相比较,该检测具有更高的灵敏性,且在引入tgRNA之后,该系统可以区分单碱基的差异,弥补了Cas12a不能区分单碱基差异的缺点,为DNA检测提供了一个高效且高度实用的平台。除此之外,利用Cas12b与等温扩增技术LAMP结合在一起,开发了HOLMESv2平台,该平台可用于一步法核酸检测和DNA甲基化定量。

Cas13a

Cas13a,又称C2C2,在crRNA引导下,识别并切割靶标ssRNA。与Cas12a类似,具有非特异性切割体系中的任意序列ssRNA的能力。将Cas13aRPA等温扩增技术结合,开发了Cas13a介导的RNA检测平台:SHERLOCK,该检测方法检测了寨卡病毒和登革热病毒,在肿瘤疾病检测方面也取得了理想的结果。

Cas14

Cas14是一种非常小的核酸酶,约为其他家族蛋白的一半。Cas14a可以识别并切割靶标ssDNA,同样具有连带切割活性。可用于ssDNA的检测。Cas14可实现高保真SNP基因分型。由于对DNA分子的识别不依赖PAM位点,Cas14对识别序列的准确性要求极其严格,单碱基的错配就会严重抑制其切割活力。

总结

在检测双链DNA时,可优选Cas12aCas12b

在检测RNA时可优选Cas13;

在检测单链DNA方面可优选Cas14

CRISPR/Cas体系与RPA恒温扩增技术结合建立的检测方法,具有高分辨率和高灵敏度、低成本、操作简单等优点,其在疾病诊断、环境评估、食品安全等领域有巨大的应用前景。

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艾迪基因改造的Cas蛋白酶系列(LwaCas13a、LbuCas13a、AapCas12a、LbuCas12a)具有高纯度、高活性、灵敏度高的特点,已经供给国内近百个实验室和诊断企业使用。

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