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CRISPR文库筛选
CRISPR文库筛选是基于CRISPR/Cas9技术建立的高通量基因筛选手段。通过对细胞池实现单一的基因扰动，再进行如药物胁迫或病毒感染等功能性筛选，从而筛选出与感兴趣表型相关的基因。目前，扰动的类型是多样的，如基因敲除、基因激活、基因沉默、基因点突变等。另外，筛选的范围可以是全基因组或某些特定的信号通路等。CRISPR文库筛选在遗传疾病、癌症、免疫调节和微生物学等领域有着广泛的应用，它可以用来发现与癌症相关的基因，研究肿瘤特有的生物学过程，以及发现新的免疫调节基因等。
服务详情
| 细胞类型 | 肿瘤细胞、干细胞等各类细胞，点击查看全部细胞系列表 |
|---|---|
| 服务类型 | sgRNA文库设计定制、扩增、质控/Cas9稳转细胞株定制/文库病毒包装/文库细胞构建/功能筛选实验/NGS分析 |
| 周期/价格 |
 在线咨询 |
艾迪基因专研基因编辑十余载，细胞基因编辑经验丰富，可提供CRISPR文库定制、CRISPR文库扩增和质控、CRISPR文库慢病毒包装、CRISPR文库细胞pool构建、正向或负筛选、高通量测序和生信分析等一系列服务，形成一站式CRISPR文库筛选解决方案。
● CRISPR-KO文库
该类文库针对编码基因的5’外显子设计sgRNA，通过引导Cas9蛋白定位到基因组特定位置并进行切割，导致DNA双链断裂。再通过细胞非同源末端修复机制，连接断裂的双链DNA，产生碱基非3倍数的indel，实现基因功能的丧失。
● CRISPRa文库
该文库通过融合dCas9和转录阻遏元件，在sgRNA的引导下，靶向目标基因的活性调控区，降低基因的转录活性。
● CRISPRi文库
该文库通过融合dCas9和转录阻遏元件，在sgRNA的引导下，靶向目标基因的活性调控区，降低基因的转录活性。
服务优势
交付形式多样
多种交付形式，满足不同科研需求
独家开发
独家开发sgRNA设计算法系统，效率更高
个性化的生信分析
可根据需求提供个性化的生信分析
一站式服务
一站式服务使您无后顾之忧
服务内容与交付标准
| 服务项目 | 服务详情 | 交付标准 |
|---|---|---|
|
sgRNA文库设计定制、 扩增、质控 |
sgRNA设计、sgRNA-oligo pool合成、文库质粒构建、文库质粒扩增、NGS质控 |
文库质粒：100ug NGS质控报告（覆盖度＞99%，均一性＜10） |
| Cas9稳转细胞株定制 | Cas9慢病毒包装、Cas9稳转株构建、编辑活性检测 | Cas9稳转株（1×106/株） |
|
文库慢病毒包装 |
文库病毒包装与滴度测定（细胞滴定法），确保活病毒滴度＞1×106 TU/ml |
小规格：1×108 TU总量； 中规格：5×108 TU总量； 大规格：1×109 TU总量； 病毒滴度检测报告 |
| 文库细胞构建 | MOI＜0.3的转染条件摸索、文库细胞pool构建 |
小规格：1×107 细胞总量； 中规格：5×107 细胞总量； 大规格：1×108 细胞总量； |
| 功能筛选实验 | 个性化的功能筛选服务：药物筛选、病毒感染、细菌感染、流式分选等 | 实验报告 |
| NGS分析 | sgRNA测序建库和NGS测序、生信分析 | 实验报告、NGS测序原始数据 |
服务流程
服务案例
艾迪基因根据客户需求，针对性地设计CRISPR敲除文库筛选方案，并完成实验。
● CRISPR敲除文库筛选全套服务（节选部分实验结果）
1. 构建Cas9稳转株
通过Cas9慢病毒转染构建目的细胞，得到目的细胞的Cas9稳转株，并使用验证过的sgRNA进行编辑效率测试。
2. sgRNA质粒文库的NGS质控结果
使用MAGeCK分析测序数据，质控分析结果中，测序数据>85% reads可以比对到目标文库，说明文库PCR和测序质量较好；文库GiniIndex <0.1，覆盖度99.8%，体现了文库sgRNAs分布均一性较好，所得数据综合证明了制备的sgRNA质粒文库质量良好。
3. 功能筛选后的文库测序及生信分析
对筛选到的细胞进行基因组提取，经过扩增和测序后采用MAGeCK-RPA算法对sgRNA文库测序结果进行质量检测，比对筛选组间差异基因，随后使用MAGeCKFlute工具箱进行下游功能富集分析。
① MAGeCK 质控分析
使用 mageck count 算法将正向测序reads 比对至 sgRNA 文库并计算 QC 数据，使用MAGeCKFlute 工具将统计数据可视化
② 基因差异分析
使用 MAGeCK RPA 算法，基于P值（negative binomial model）对 sgRNA 排序，并使用 α-RRA 模型鉴定正向/负向筛选基因，使用 MAGeCKFlute 工具将分析数据可视化。以 D 文库为对照，进行差异分析，成功筛选出显著基因。
③ 功能富集分析
使用MAGeCKFlute工具箱比对基因功能数据库，使用hypergeometric test（HGT）统计方法对正向/反向筛选基因分别进行KEGG/REACTOME/GOBP/Complex 富集分析。
Advantage and Characteristic
Optimazied Strategy
We have create a unique sgRNA Design Logic
Optimazied Strategy
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FAQ
单质粒系统和双质粒系统文库载体的区别？
单质粒系统一次转染即可完成基因编辑，构建相对简单，但质粒较大并导致
感染效率偏低；双质粒系统中，使用使用两种载体分别装载Cas9或sgRNA表达盒。先构建Cas9稳转株，然后在Cas9稳转株的基础上转染sgRNA文库。有如下优点：
1）提高编辑效率：Cas9蛋白和sgRNA在不同的载体上独立、稳定表达，可以提高编辑效率。
2）灵活性：可以根据实验需要，灵活地进行载体设计和构建。比如一个载体装载两个sgRNA表达盒。
1）提高编辑效率：Cas9蛋白和sgRNA在不同的载体上独立、稳定表达，可以提高编辑效率。
2）灵活性：可以根据实验需要，灵活地进行载体设计和构建。比如一个载体装载两个sgRNA表达盒。
如何选择合适的细胞进行文库筛选？
细胞选择可以遵循以下原则：
1）与研究目的相符
2）sgRNA文库靶向的基因要与细胞的属源相符
3）细胞可以稳定传代
4）转染效率高
尽量不选用原代细胞。由于原代细胞无法稳定传代，可能在文库筛选实验的过程中，原代细胞已经出现大量死亡，无法完成实验。如果选用原代细胞进行文库筛选，为了解决上述的风险，可以通过降低细胞覆盖度和选择gRNA数较小的文库进行筛选，尽可能降低文库细胞池的数量和缩短实验周期。
1）与研究目的相符
2）sgRNA文库靶向的基因要与细胞的属源相符
3）细胞可以稳定传代
4）转染效率高
尽量不选用原代细胞。由于原代细胞无法稳定传代，可能在文库筛选实验的过程中，原代细胞已经出现大量死亡，无法完成实验。如果选用原代细胞进行文库筛选，为了解决上述的风险，可以通过降低细胞覆盖度和选择gRNA数较小的文库进行筛选，尽可能降低文库细胞池的数量和缩短实验周期。
如何选择全基因组或亚基因组CRISPR文库？
CRISPR文库类型可分为全基因组文库和亚基因组文库。如果目标是进行全基因组范围内的筛选，那么全基因组文库是最佳选择。这类文库通常包含针对整个基因组的sgRNA。如果研究目标有偏向性，如只关注特定基因家族或特定信号通路，那么可以选择亚基因组文库，以减少不必要的筛选工作量和成本。
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